晴朗时节，江户川柯南（高山南配音）和毛利小五郎（小山力也配音）、小兰（山崎和佳奈配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着 一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人 阳光明媚的一天，柯南（高山南配音）、小兰（山崎和佳奈配音）以及少年侦探团的伙伴们随同毛利小五郎（小山力也配音）来到大阪，参加在当地举行的“高中生皋月杯”百人一首和歌大赛。期间，他们还见到了彼此的好友服 工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对 真实身份谜团重重、每个人都有着复杂背景的危险一家——赤井家族。在来叶崖假死的FBI探员赤井秀一，《名侦探柯南绯色的不在证明》以他为中心展开，揭开了赤井秀一、世良真纯、羽田秀吉、玛丽等人的个性，以及他们 漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯 目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭 阳光明媚的一天，东都体育场正进行一场东京Spirit和大阪钢巴的精彩足球比赛，江户川柯南（高山南配音）、灰原哀（林原惠美配音）、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齐到场呐喊助威。城市的另一边，事务所内的 柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底 “名侦探柯南系列”第23部动画剧场版，票房和口碑也屡破纪录。作为平成年代最后一部柯南电影，首次将案件发生地设立在海外，基德时隔四年后再度回归，与柯南合体展开行动。故事围绕着19世纪末与海盗船一同沉入海 
